Kai 1944 m. sovietų armija užėmė Klaipėdos kraštą, pradėjo etninį vietos gyventojų valymą.
Iki 1944 m. Mažojoje Lietuvoje gyveno apie 2,6 mln. žmonių, per paskutinį Antrojo pasaulinio karo pusmetį gyventojų skaičius sumažėjo daugiau nei 4 kartus. Didelė gyventojų dalis spėjo pasitraukti, tačiau per 300 tūkst. civilių gyventojų (iš jų apie 130 tūkst. lietuvių kilmės) buvo nužudyti.
1945 m. pabaigoje Karaliaučiaus krašte buvo likę tik apie 160 tūkst. vietos gyventojų.
2006 m. Lietuvos Respublikos Seimas spalio 16 d. paskelbė atmintina diena – Mažosios Lietuvos genocido diena.
2024 m. spalio 16 d. Kaune vyko Mažosios Lietuvos gyventojų genocido 80-ųjų metinių paminėjimas. Vytauto Didžiojo karo muziejaus sodelyje prie Mažosios Lietuvos visuomenės veikėjų Vydūno (1868–1953) ir Martyno Jankaus (1858–1946) paminklinių biustų visuomenininkų atstovai iš LPKTS, LPKTB, LŠS, XXVII knygos mėgėjų draugijos ir kitų organizacijų kartu su Kauno evangelikų liuteronų parapijos klebonu kun. Sauliumi Juozaičiu sukalbėjo maldą. Po jos renginio dalyviai išsakė savo istorinės atminties žodžius apie Mažosios Lietuvos genocidą ir sugiedojo giesmę „Lietuviais esame mes gimę“, kuri yra neoficialus Mažosios Lietuvos himnas.
Vėliau LPKTS salėje prasidėjo Mažosios Lietuvos gyventojų genocido 80-ųjų metinių atminimo popietė, per kurią kalbėjo: LPKTS valdybos pirmininkas Vladas Sungaila, LPKTS valdybos narys Rimantas Ausmanas, XXVII knygos mėgėjų draugijos pirmininkė, Lietuvos universitetų moterų asociacijos prezidentė Dalia Poškienė, Mažosios Lietuvos kultūros paveldo tyrėjas ir Mažosios Lietuvos enciklopedijos rengėjas, architektas doc. dr. Martynas Purvinas su žmona Marija, Vyčio Kryžiaus ordino kavalierius, lietuviškų ginklų kūrėjas, dim. kpt. Algirdas Petrusevičius, teol. lic. kun. Jonas Stankevičius, kun. Saulius Juozaitis, pirmasis Kauno rinktinės savanorių vadas ats. mjr. Vitalijus Edvardas Straleckas, žurnalistas ir šaulys prof. Aleksandras Vitkus, visuomenininkas Sigitas Šamborskis, LŠS išeivijos šaulys ir istorikas Ernestas Lukoševičius ir kiti. Svečiai išsakė mintį, kad Mažosios Lietuvos genocidą 1944 m. reikia įamžinti, o atminimą perduoti ateities kartoms. Atminimo popietė buvo užbaigta maldos žodžiais.
Renginio dalyviai turėjo progos susipažinti su sovietų okupacinės valdžios leidžiamo Kaune laikraščio „Tarybų Lietuva“ 1944 metų rinkiniu, kuriame yra istorijos tyrinėtojams įdomių pranešimų ir nuotraukų apie to meto Mažąją Lietuvą.
Renginį inicijavo ir moderavo LGGRTC Sekretoriato vyresnysis patarėjas, visuomenininkas, socialinių mokslų daktaras Raimundas Kaminskas.
